Todo comenzó cuando el Dr. Elie Metchnikoff, (Ruso, ganador del premio nobel) expuso su hipótesis de que la longevidad de los campesinos de Bulgaria aparentemente se debía a que consumían grandes cantidades de leche fermentada. Él creía que el ácido láctico de las bacterias en los productos eliminan a los organismos nocivos en los intestinos y por lo tanto reduce la producción de toxinas que conducen a enfermedades e infecciones.

En 1921 el fundador de Yakult, Dr. Minoru Shirota inició su formación médica en la Universidad Imperial de Kyoto (actual Universidad de Kyoto) en Japón. En ese tiempo en Japón muchos niños morían de enfermedades infecciosas como Cólera por las malas condiciones sanitarias. El Dr. Shirota que era estudiante de medicina enfrentándose a esa realidad, profundizó en el estudio de la medicina preventiva e inició sus estudios de microbiología.